Strategia este structurată pe patru mari obiective:
Fiecărui obiectiv al Strategiei îi corespund domenii specifice de acţiune, grupate pe 11 arii prioritare, fiecare arie prioritară fiind coordonată de câte 2 state/landuri din regiune:
A. INTERCONECTAREA REGIUNII DUNĂRII
1. Îmbunătățirea mobilității și a multimodalității
a. Cai navigabile interioare (Austria și Romania)
b. Legături rutiere, feroviare și aeriene (Slovenia și Serbia)
2. Incurajarea energiilor durabile (Ungaria si Cehia)
3. Promovarea culturii și a turismului, a contactelor directe între oameni (România și Bulgaria)
B. PROTEJAREA MEDIULUI ÎN REGIUNEA DUNĂRII
4.Restaurarea si intretinerea calitatii apelor (Ungaria și Slovacia)
5. Gestionarea riscurilor de mediu (Ungaria și România)
6. Conservarea biodiversitatii, a peisajelor și a calității aerului și solurilor (Bavaria și Croația)
C. CREȘTEREA PROSPERITĂȚII ÎN REGIUNEA DUNĂRII
7. Dezvoltarea societatii bazate pe cunoaștere, prin cercetare, educație și tehnologii ale informației (Serbia și Slovacia)
8. Sprijinirea competitivității întreprinderilor, inclusiv dezvoltarea clusterelor (Croația și Baden-Württemberg)
9. Investiția în oameni și capacități (Austria și Republica Moldova)
D. CONSOLIDAREA REGIUNII DUNĂRII
10. Ameliorarea capacitatii instituționale și a cooperării (Austria si Slovenia)
11. Conlucrarea în vederea promovării securității și pentru soluționarea problemelor legate de criminalitatea organizată și de infracțiunile grave (Bavaria si Bulgaria)
Coordonatorul Naţional al SUERD este Ministerul Afacerilor Externe, care asigură coordonarea inter-instituţională şi colaborarea între instituțiile guvernamentale implicate: Ministerul Dezvoltării Regionale şi Administraţiei Publice, Ministerul Fondurilor Europene, Ministerul Transporturilor, Ministerul Mediului, Apelor şi Pădurilor, Ministerul Economiei, Comerţului şi Turismului, Ministerul Culturii, Ministerul Energiei, Întreprinderilor Mici și Mijlocii și Mediului de Afaceri, Autoritatea Națională pentru Cercetare Științifică şi Inovare, Ministerul Educației și Cercetării Științifice, Ministerul Afacerilor Interne şi Ministerul Finanţelor Publice.
Ministerul Dezvoltării Regionale şi Administraţiei Publice (prin Serviciul Politici și Strategii de dezvoltare durabilă, Direcția Politici și strategii) asigură coordonarea din partea României a Ariei Prioritare 3 a SUERD - „Cultură, turism şi contacte directe între oameni”. România coordonează această arie împreună cu Bulgaria, în cadrul Pilonului A-“Interconectarea regiunii Dunării”.
De asemenea, Ministerul Dezvoltării Regionale și Administrației Publice (prin Direcția pentru Descentralizarea Administrației Publice, Direcția Generală Administrație Publică) este punct de contact pentru România pentru Aria prioritară 10 - “Dezvoltarea capacităţii instituţionale şi a cooperării’’, coordonată de Austria şi Slovenia.